Three published genomes are currently available for the soybean cyst nematode (H. glycines): TN10 Pseudomolecule, TN10 Draft, and X12. Due to differences in gene prediction methods, gene structures can vary among the assemblies. However, some genes in SCN are population-specific or are formed due to artifacts in genome assembly. This is a list of those genes which could not be found by GMap searching each of the respective genomes for a single best alignment. Even when allowing for chimeric alignments, these could not be found.
X12 Genes missing from TN10 Pseudomolecule |
TN10 Draft Genes Missing from TN10 Pseudomolecule | TN10 Draft Genes Missing From X12 | TN10 Pseudomolecule Genes Missing from X12 | X12 Genes Missing From TN10 Draft | TN10 Pseudomolecule Genes Missing from TN10 Draft |
evm.model.chr1.82 | Hetgly.T000020406.1 | Hetgly.T000012109.1 | Hetgly08997.t1 | evm.model.chr1.65 | Hetgly08997.t1 |
evm.model.chr1.83 | Hetgly.T000020407.1 | Hetgly.T000012111.1 | Hetgly09008.t1 | evm.model.chr1.82 | Hetgly09044.t1 |
evm.model.chr1.313 | Hetgly.T000020354.1 | Hetgly.T000012122.1 | Hetgly09016.t1 | evm.model.chr1.72 | Hetgly09014.t1 |
evm.model.chr1.357 | Hetgly.T000020347.1 | Hetgly.T000012115.1 | Hetgly09024.t1 | evm.model.chr1.83 | Hetgly09043.t1 |
evm.model.chr1.358 | Hetgly.T000021944.2 | Hetgly.T000012119.1 | Hetgly09023.t1 | evm.model.chr1.147 | Hetgly09053.t1 |
evm.model.chr1.397 | Hetgly.T000021944.3 | Hetgly.T000012114.1 | Hetgly09043.t1 | evm.model.chr1.358 | Hetgly09192.t1 |
evm.model.chr1.409 | Hetgly.T000021944.4 | Hetgly.T000012121.1 | Hetgly09133.t1 | evm.model.chr1.357 | Hetgly09452.t1 |
evm.model.chr1.418 | Hetgly.T000021944.1 | Hetgly.T000012113.2 | Hetgly09134.t1 | evm.model.chr1.313 | Hetgly09463.t1 |
evm.model.chr1.419 | Hetgly.T000017324.1 | Hetgly.T000012113.1 | Hetgly09139.t1 | evm.model.chr1.385 | Hetgly09464.t1 |
evm.model.chr1.428 | Hetgly.T000017331.1 | Hetgly.T000018384.1 | Hetgly09138.t1 | evm.model.chr1.389 | Hetgly09563.t1 |
evm.model.chr1.650 | Hetgly.T000017316.1 | Hetgly.T000012110.1 | Hetgly09202.t1 | evm.model.chr1.409 | Hetgly09566.t1 |
evm.model.chr1.743 | Hetgly.T000017317.1 | Hetgly.T000018400.1 | Hetgly09219.t1 | evm.model.chr1.416 | Hetgly09565.t1 |
evm.model.chr1.749 | Hetgly.T000023468.1 | Hetgly.T000018401.1 | Hetgly09220.t1 | evm.model.chr1.419 | Hetgly09564.t1 |
evm.model.chr1.746 | Hetgly.T000023474.1 | Hetgly.T000018401.2 | Hetgly09222.t1 | evm.model.chr1.417 | Hetgly09601.t1 |
evm.model.chr1.748 | Hetgly.T000026170.1 | Hetgly.T000020437.1 | Hetgly09224.t1 | evm.model.chr1.482 | Hetgly09603.t1 |
evm.model.chr1.741 | Hetgly.T000024936.1 | Hetgly.T000021077.1 | Hetgly09229.t1 | evm.model.chr1.918 | Hetgly09605.t1 |
evm.model.chr1.742 | Hetgly.T000024935.1 | Hetgly.T000021078.1 | Hetgly09230.t1 | evm.model.chr1.922 | Hetgly09604.t1 |
evm.model.chr1.740 | Hetgly.T000024036.1 | Hetgly.T000020356.1 | Hetgly09232.t1 | evm.model.chr1.926 | Hetgly09607.t1 |
evm.model.chr1.754 | Hetgly.T000019815.1 | Hetgly.T000012116.1 | Hetgly09231.t1 | evm.model.chr1.925 | Hetgly09597.t1 |
evm.model.chr1.755 | Hetgly.T000008470.1 | Hetgly.T000021221.1 | Hetgly09235.t1 | evm.model.chr1.920.1 | Hetgly09602.t1 |
evm.model.chr1.739 | Hetgly.T000008487.1 | Hetgly.T000021231.1 | Hetgly09228.t1 | evm.model.chr1.919 | Hetgly09608.t2 |
evm.model.chr1.751 | Hetgly.T000008621.1 | Hetgly.T000021220.1 | Hetgly09240.t1 | evm.model.chr1.1131 | Hetgly09599.t1 |
evm.model.chr1.744 | Hetgly.T000014086.1 | Hetgly.T000019982.1 | Hetgly09243.t1 | evm.model.chr1.924.2 | Hetgly09608.t1 |
evm.model.chr1.756 | Hetgly.T000002635.1 | Hetgly.T000020011.1 | Hetgly09244.t1 | evm.model.chr1.1304 | Hetgly09609.t1 |
evm.model.chr1.1020 | Hetgly.T000002638.1 | Hetgly.T000020012.3 | Hetgly09245.t1 | evm.model.chr1.923 | Hetgly09705.t1 |
evm.model.chr1.1021 | Hetgly.T000002636.1 | Hetgly.T000020012.1 | Hetgly09227.t1 | evm.model.chr1.1376 | Hetgly09606.t1 |
evm.model.chr1.921.1 | Hetgly.T000002634.1 | Hetgly.T000020012.2 | Hetgly09234.t1 | evm.model.chr1.1390 | Hetgly09749.t1 |
evm.model.chr1.1169 | Hetgly.T000002633.1 | Hetgly.T000020016.1 | Hetgly09223.t1 | evm.model.chr1.1391 | Hetgly09748.t1 |
evm.model.chr1.1131 | Hetgly.T000002642.1 | Hetgly.T000020014.1 | Hetgly09233.t1 | evm.model.chr1.1406 | Hetgly09562.t1 |
evm.model.chr1.753 | Hetgly.T000002644.1 | Hetgly.T000020015.1 | Hetgly09394.t1 | evm.model.chr1.1578 | Hetgly09487.t1 |
evm.model.chr1.321 | Hetgly.T000002645.1 | Hetgly.T000021222.1 | Hetgly09395.t1 | evm.model.chr1.1575 | Hetgly09605.t2 |
evm.model.chr1.1456 | Hetgly.T000002648.1 | Hetgly.T000021676.1 | Hetgly09407.t1 | evm.model.chr1.1703 | Hetgly09489.t1 |
evm.model.chr1.750 | Hetgly.T000002649.1 | Hetgly.T000020013.1 | Hetgly09438.t1 | evm.model.chr1.1734 | Hetgly09806.t1 |
evm.model.chr1.1457 | Hetgly.T000002651.1 | Hetgly.T000025820.1 | Hetgly09475.t1 | evm.model.chr1.1738 | Hetgly09751.t1 |
evm.model.chr1.1416 | Hetgly.T000002640.1 | Hetgly.T000025821.1 | Hetgly09486.t1 | evm.model.chr1.1745 | Hetgly09750.t1 |
evm.model.chr1.1738 | Hetgly.T000002639.1 | Hetgly.T000025429.1 | Hetgly09517.t1 | evm.model.chr1.1747 | Hetgly10290.t1 |
evm.model.chr2.43 | Hetgly.T000002655.1 | Hetgly.T000025431.1 | Hetgly09516.t1 | evm.model.chr1.1670 | Hetgly10321.t1 |
evm.model.chr1.1748 | Hetgly.T000002656.1 | Hetgly.T000025435.1 | Hetgly09599.t1 | evm.model.chr2.32 | Hetgly10324.t1 |
evm.model.chr1.1670 | Hetgly.T000002657.1 | Hetgly.T000025428.1 | Hetgly09597.t1 | evm.model.chr1.1748 | Hetgly10388.t1 |
evm.model.chr1.1705 | Hetgly.T000002652.1 | Hetgly.T000025428.2 | Hetgly09600.t1 | evm.model.chr2.43 | Hetgly10337.t1 |
evm.model.chr1.1730 | Hetgly.T000002658.1 | Hetgly.T000025867.1 | Hetgly09739.t2 | evm.model.chr1.1730 | Hetgly10460.t1 |
evm.model.chr1.752 | Hetgly.T000002654.1 | Hetgly.T000019285.1 | Hetgly09739.t3 | evm.model.chr1.1705 | Hetgly10462.t1 |
evm.model.chr2.281 | Hetgly.T000002650.1 | Hetgly.T000019284.1 | Hetgly09738.t1 | evm.model.chr2.79 | Hetgly10322.t1 |
evm.model.chr2.288 | Hetgly.T000002647.1 | Hetgly.T000019287.1 | Hetgly09842.t1 | evm.model.chr2.144 | Hetgly10463.t1 |
evm.model.chr2.292.1 | Hetgly.T000002643.1 | Hetgly.T000025673.1 | Hetgly09846.t1 | evm.model.chr1.917 | Hetgly10325.t1 |
evm.model.chr2.290 | Hetgly.T000013015.1 | Hetgly.T000022339.1 | Hetgly09853.t1 | evm.model.chr2.81 | Hetgly10459.t1 |
evm.model.chr2.287 | Hetgly.T000013014.1 | Hetgly.T000025566.1 | Hetgly09856.t1 | evm.model.chr2.237 | Hetgly10689.t1 |
evm.model.chr2.282 | Hetgly.T000010193.1 | Hetgly.T000024939.1 | Hetgly09845.t1 | evm.model.chr2.235 | Hetgly10709.t1 |
evm.model.chr2.286 | Hetgly.T000023249.1 | Hetgly.T000024040.1 | Hetgly09847.t1 | evm.model.chr2.457 | Hetgly10710.t1 |
evm.model.chr2.280 | Hetgly.T000019443.1 | Hetgly.T000024042.1 | Hetgly09852.t1 | evm.model.chr2.78 | Hetgly10711.t1 |
evm.model.chr2.293 | Hetgly.T000019452.1 | Hetgly.T000024048.1 | Hetgly09854.t1 | evm.model.chr2.570 | Hetgly10698.t1 |
evm.model.chr2.572 | Hetgly.T000025636.1 | Hetgly.T000024051.1 | Hetgly09863.t1 | evm.model.chr2.571 | Hetgly10780.t1 |
evm.model.chr2.570 | Hetgly.T000012561.1 | Hetgly.T000024052.1 | Hetgly09857.t1 | evm.model.chr2.572 | Hetgly10784.t1 |
evm.model.chr2.571 | Hetgly.T000025006.1 | Hetgly.T000024053.1 | Hetgly09865.t1 | evm.model.chr2.582 | Hetgly10782.t1 |
evm.model.chr2.534 | Hetgly.T000024999.1 | Hetgly.T000024053.2 | Hetgly09866.t1 | evm.model.chr2.534 | Hetgly10783.t1 |
evm.model.chr2.285 | Hetgly.T000011456.1 | Hetgly.T000024049.1 | Hetgly09855.t1 | evm.model.chr2.581 | Hetgly10785.t1 |
evm.model.chr1.747 | Hetgly.T000011458.1 | Hetgly.T000024057.1 | Hetgly09844.t1 | evm.model.chr2.514 | Hetgly10808.t1 |
evm.model.chr2.291 | Hetgly.T000019471.1 | Hetgly.T000016596.1 | Hetgly09867.t1 | evm.model.chr2.614 | Hetgly10812.t1 |
evm.model.chr2.283 | Hetgly.T000010913.1 | Hetgly.T000016599.1 | Hetgly09489.t1 | evm.model.chr2.516 | Hetgly10781.t1 |
evm.model.chr3.193 | Hetgly.T000010928.1 | Hetgly.T000016597.1 | Hetgly09851.t1 | evm.model.chr2.668 | Hetgly10806.t1 |
evm.model.chr3.206 | Hetgly.T000010915.1 | Hetgly.T000016600.1 | Hetgly09848.t1 | evm.model.chr2.667 | Hetgly10809.t1 |
evm.model.chr3.215 | Hetgly.T000009959.1 | Hetgly.T000016595.2 | Hetgly09487.t1 | evm.model.chr2.697 | Hetgly10680.t1 |
evm.model.chr2.279 | Hetgly.T000009957.1 | Hetgly.T000016602.1 | Hetgly09739.t1 | evm.model.chr2.670 | Hetgly10814.t1 |
evm.model.chr3.277 | Hetgly.T000009958.1 | Hetgly.T000016594.1 | Hetgly10283.t1 | evm.model.chr2.691 | Hetgly10866.t1 |
evm.model.chr3.209 | Hetgly.T000009958.2 | Hetgly.T000016593.1 | Hetgly10284.t1 | evm.model.chr1.927 | Hetgly10864.t1 |
evm.model.chr3.326 | Hetgly.T000009956.1 | Hetgly.T000016595.1 | Hetgly10232.t1 | evm.model.chr3.26 | Hetgly10871.t1 |
evm.model.chr3.325 | Hetgly.T000022063.1 | Hetgly.T000016590.1 | Hetgly10286.t1 | evm.model.chr2.664 | Hetgly10872.t1 |
evm.model.chr3.312 | Hetgly.T000022105.1 | Hetgly.T000016603.1 | Hetgly10295.t1 | evm.model.chr3.20 | Hetgly10873.t1 |
evm.model.chr3.351 | Hetgly.T000019595.1 | Hetgly.T000016591.1 | Hetgly10285.t1 | evm.model.chr2.698 | Hetgly10870.t1 |
evm.model.chr3.336 | Hetgly.T000015045.1 | Hetgly.T000016601.2 | Hetgly10201.t1 | evm.model.chr3.56 | Hetgly10874.t1 |
evm.model.chr3.483 | Hetgly.T000015054.1 | Hetgly.T000016601.1 | Hetgly10296.t1 | evm.model.chr2.693 | Hetgly10680.t2 |
evm.model.chr3.424.2 | Hetgly.T000015075.1 | Hetgly.T000026799.1 | Hetgly10359.t1 | evm.model.chr3.54 | Hetgly10869.t1 |
evm.model.chr3.496 | Hetgly.T000015105.1 | Hetgly.T000026797.1 | Hetgly10388.t1 | evm.model.chr3.55 | Hetgly10865.t1 |
evm.model.chr3.1008 | Hetgly.T000018197.1 | Hetgly.T000026798.1 | Hetgly10434.t1 | evm.model.chr2.669 | Hetgly10892.t1 |
evm.model.chr3.1009 | Hetgly.T000014549.1 | Hetgly.T000020904.1 | Hetgly10426.t1 | evm.model.chr3.196 | Hetgly10893.t1 |
evm.model.chr3.1079 | Hetgly.T000016535.1 | Hetgly.T000020908.1 | Hetgly10433.t1 | evm.model.chr3.215 | Hetgly10969.t1 |
evm.model.chr3.1018 | Hetgly.T000014726.1 | Hetgly.T000020907.1 | Hetgly10430.t1 | evm.model.chr3.228 | Hetgly10983.t1 |
evm.model.chr3.1020.2 | Hetgly.T000014727.1 | Hetgly.T000020910.1 | Hetgly10443.t1 | evm.model.chr2.692 | Hetgly10807.t1 |
evm.model.chr3.1091 | Hetgly.T000014733.1 | Hetgly.T000020906.1 | Hetgly10440.t1 | evm.model.chr3.230 | Hetgly11058.t1 |
evm.model.chr3.1021.3 | Hetgly.T000014760.1 | Hetgly.T000016604.1 | Hetgly10445.t1 | evm.model.chr3.225.1 | Hetgly11066.t1 |
evm.model.chr3.1088 | Hetgly.T000020107.2 | Hetgly.T000020917.1 | Hetgly10449.t1 | evm.model.chr3.58 | Hetgly11005.t1 |
evm.model.chr3.1090 | Hetgly.T000020106.1 | Hetgly.T000016598.1 | Hetgly10432.t1 | evm.model.chr3.277 | Hetgly11108.t1 |
evm.model.chr3.1345 | Hetgly.T000020107.1 | Hetgly.T000020912.1 | Hetgly10441.t1 | evm.model.chr3.326 | Hetgly11109.t1 |
evm.model.chr3.1341.4 | Hetgly.T000020109.1 | Hetgly.T000020918.3 | Hetgly10442.t1 | evm.model.chr3.312 | Hetgly11140.t1 |
evm.model.chr3.1348 | Hetgly.T000016845.1 | Hetgly.T000020922.1 | Hetgly10454.t1 | evm.model.chr3.325 | Hetgly11146.t1 |
evm.model.chr3.1375 | Hetgly.T000023617.1 | Hetgly.T000020922.2 | Hetgly10451.t1 | evm.model.chr3.351 | Hetgly11158.t1 |
evm.model.chr3.1019 | Hetgly.T000018852.1 | Hetgly.T000020921.1 | Hetgly10450.t1 | evm.model.chr3.336 | Hetgly11160.t1 |
evm.model.chr2.284 | Hetgly.T000024116.1 | Hetgly.T000016604.2 | Hetgly10431.t1 | evm.model.chr3.424.2 | Hetgly11178.t1 |
evm.model.chr3.1007 | Hetgly.T000003784.1 | Hetgly.T000020918.1 | Hetgly10444.t1 | evm.model.chr3.433 | Hetgly11183.t1 |
evm.model.chr3.1530 | Hetgly.T000006292.1 | Hetgly.T000020909.1 | Hetgly10460.t1 | evm.model.chr3.437 | Hetgly11188.t1 |
evm.model.chr3.1511 | Hetgly.T000006294.1 | Hetgly.T000020918.2 | Hetgly10438.t1 | evm.model.chr3.434 | Hetgly11196.t1 |
evm.model.chr3.1550 | Hetgly.T000006293.1 | Hetgly.T000020927.1 | Hetgly10468.t1 | evm.model.chr3.766 | Hetgly11211.t1 |
evm.model.chr3.1522 | Hetgly.T000006284.1 | Hetgly.T000020911.1 | Hetgly10470.t1 | evm.model.chr3.947 | Hetgly11186.t1 |
evm.model.chr3.1646.1 | Hetgly.T000005567.1 | Hetgly.T000020932.1 | Hetgly10448.t1 | evm.model.chr3.767 | Hetgly11216.t1 |
evm.model.chr3.1092 | Hetgly.T000005569.1 | Hetgly.T000020933.1 | Hetgly10447.t1 | evm.model.chr3.968 | Hetgly11226.t1 |
evm.model.chr4.105 | Hetgly.T000005587.1 | Hetgly.T000020934.1 | Hetgly10453.t1 | evm.model.chr3.970 | Hetgly11229.t1 |
evm.model.chr4.106 | Hetgly.T000005613.1 | Hetgly.T000020928.1 | Hetgly10436.t1 | evm.model.chr3.971 | Hetgly11258.t1 |
evm.model.chr4.124 | Hetgly.T000005586.1 | Hetgly.T000020936.1 | Hetgly10479.t1 | evm.model.chr3.950 | Hetgly11257.t1 |
evm.model.chr4.107 | Hetgly.T000005615.1 | Hetgly.T000020930.1 | Hetgly10475.t1 | evm.model.chr3.948.1 | Hetgly11263.t1 |
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